МРТ незаменим в травматологии и ортопедии в том случае, когда речь идёт о состоянии капсульно-связочного аппарата сустава. Не один из методов медицинской визуализации не может с подобной точностью и присущей МРТ информативностью оценить состояние связок, суставного гиалинового хряща, жидкости в полости сустава и малейших костных изменений.

Повреждение суставного хряща может быть по типу "размягчения" — дегенеративных изменений и травматических разрывов, которые достоверно отображает МРТ.

Повреждение связок можно достоверно оценить только на МРТ. При помощи этого метода медицинской визуализации можно уверенно дать ответ имеет место частичный разрыв или полный отрыв связок, сухожилия, хрящевых компонентов сустава. Также можно оценить степень деградации суставного хряща и костные изменения.

Травматические повреждения костей не выявляемые на рентгене, такие как костная контузия могут быть диагностированы только на МРТ. Остеохонд ропати и — обширная группа заболеваний поражающих кости и хрящи преимущественно в детском и подростковом возрасте успешно выявляется и оцениваться на МРТ исследовании.

Аутоиммунные поражения суставов, характерные для ревматоидного артрита сопровождаются воспалительной деструкции суставного хряща и развитием деформирующего артроза.